Tra le opere sanabili con le regole del Terzo condono edilizio non rientrano gli ampliamenti e i cambi di destinazione d’uso, anche parziali, di immobili preesistenti in zona vincolata. Sanatoria straordinaria ok solo per opere di restauro, risanamento conservativo o manutenzione straordinaria.
Nel caso di interventi realizzati sia al quinto che al sesto piano dell'edificio, che hanno dato luogo alla radicale trasformazione di un'area originariamente a destinazione non residenziale in area residenziale, l'istanza di condono è unica, così come è unico l'intervento edilizio realizzato. Sono vietati frazionamenti artificiosi delle istanze per eludere il limite volumetrico massimo.
Il terzo condono edilizio in zona vincolata è applicabile esclusivamente agli interventi di minore rilevanza indicati ai numeri 4, 5 e 6 dell'allegato 1 al DL 269/2003, cioè restauro, risanamento conservativo e manutenzione straordinaria. La disciplina del silenzio assenso non si applica ai condoni edilizi.
In zona vincolata, il terzo condono edilizio è ammesso solo per interventi minori (restauro, risanamento conservativo, manutenzione straordinaria). Qualsiasi opera di ampliamento, con aumento volumetrico, rienrrante o nella nuova costruzione o nella ristrutturazione edilizia pesante, è fuori dal perimetro della sanatoria straordinaria.
I requisiti di condonabilità di un'opera sono stabiliti da norme statali (uno dei tre condoni edilizi del 1985, 1994 o 2003) e regionali di rango primario, che "non lasciano alcuno spazio ad una regolazione attuativa ad opera dei regolamenti comunali"